Вработените во некогашниот клинички центар, денес Комплекс клиники „Мајка Тереза” биле членови на Самостојниот синдикат за здравство, фармација и социјална политика при Сојузот на синдикатите на Македонија.Постоеле три основни организации на синдикатот. Постоеле основна организација на вработените во Медицинскиот факултет, на вработените во клиниките и во институтите.Синдикалната организација на клиничкиот центар броела над 2.700 членови. Благодарение на тогашниот директор на клиничкиот центар, проф. д-р Илија Џонов, во 1998 и 1999, биле отстапени и комплетно опремени две канцеларии во кои се одвивала богата активност на синдикалната организација.
Членовите на синдикалната организација при тогашниот клинички центар не биле задоволни од третманот што го добивале од раководството на Самостојниот синдикат како најголема синдикална организација во рамките на Синдикатот. Незадоволството кулминирало кога за конгресот на Самостојниот синдикат, синдикалната организација на клиничкиот центар добила само четири делегати и не бил прифатен предлогот, претседателот или потпретседателот на Самостојниот синдикат за здравство, фармација и социјална заштита да биде од нивните редови.
Незадоволни од односот тројца членови на Синдикатот од клиничкиот центар Ратко Станковски, прим. д-р Ангелче Саздовски и Ристе Спиров покренале иницијатива за формирање нов синдикат. На почетокот на идејата да се формира нов синдикат им се придружиле членовите на четири или пет синдикални подружници на тогашниот Самостоен синдикат.
Иницијатива за формирање нов Синдикат добила епилог со Решението за постоење на новиот синдикат добиено во октомври 2001 година и на првиот конгрес во 2001 година што се одржа во Охрид. На Првиот конгрес и формално правно бил формиран Самостојниот синдикат на клинички центри и други здравствени организации на Република Македонија.
На последниот конгрес одржан во мај 2014 година Самостојниот синдикат на клинички центри и други здравствени организации во Република Македонија го промени името и сега е Самостоен синдикат на вработените во универзитетските клиники, центри, клинички болници и други јавни здравствени установи во Република Македонија.
Прв претседател на Самостојниот синдикат беше прим. д-р Ангелче Саздовски. Втор претседател е д-р Дејан Ставриќ, а трет д-р Горан Беговиќ.
Во времето на одржување на првиот конгрес новиот синдикат во областа на здравството во државата- Самостојниот синдикат на клинички центри и други здравствени организации во Република Македонија броел 3.200 членови.
Првиот конгрес е одржан во март 2002 година во хотелот „Палас” во Охрид. Прв претседател е д-р Ангелче Саздовски.
Вториот конгрес се одржа од 13 до 15 октомври во хотелот „Сириус” во Струмица. Нов претседател е д-р Дејан Ставриќ.
Третиот конгрес се одржа од 26 и 27 ноември 2010 година во Дојран, во хотелот „Полин”. На конгресот на кој присуствуваа 39 делегати повторно за претседател е избран д-р Дејан Ставриќ.
Четвртиот Конгрес на Самостојниот синдикат на клинички центар и други здравствени организации на Република Македонија се одржа на 23 мај 2014 година во хотел Полин, во Дојран. На Конгресот присуствуваа 44 делегата. За нов претседател е избран д-р Горан Беговиќ.
Денес Самостојниот синдикат на клинички центри и други здравствени организации има околу 3.800 членови.