Цели и задачи на Самостојниот синдикат се:
- организирање синдикални организации во јавните здравствени установи врз основа на доброволно изразена волја на членовите;
- остварување на интересите, правата и барањата на членовите на Самостојниот синдикат – здравствени работници, здравствени соработници и другите вработени во јавните здравствени установи;
- подобрување на условите за работа, заштита при работа, заштита на животната и работната средина, како и посебна грижа за здравјето и животот на вработените во процесот на работата;
- учествува во донесување и потпишување на колективни договори и следење на нивното спроведување;
- покренува иницијативи, расправи и дава мислење по закони и други прописи со кои се уредува општествено-економската и социјалната положба на членовите;
- преговарање, иницирање, организирање и водење штрајк и согледување на ефектите од штрајкот;
- учество во работата на надлежните органи, здруженија и институции застапувајќи ги интересите на членовите;
- застапување, остварување и уредување на правата од работен однос на своите членови;
- преговарање за подобрување на условите за развивање, унапредување и заштита на инвентивната работа и творештво;
- основање фондови за материјална помош, солидарност, заемност, како и хуманост на членовите;
- информирање на своите членови како и јавноста за својата работа;
- синдикална заштита на своите членови;
- обезбедување просторни, технички и материјални услови за функционирање;
- обезбедување услови за континуирана синдикална едукација и друго;
- остварување на други цели и интереси на своите членови.